ECエンジン

ECエンジンにもオープンソースのものが数多く存在します。
ZenCartや、純国産のEC-Cubeなどが有名で、どちらもLAMPの知識さえあれば簡単にカスタマイズが可能です。

EC-Cube

EC-Cubeは、純国産ECサイト構築ツールです。
オープンソースですが、外部に委託する受託開発の形態を採ると、製品そのもののライセンスフィーもかかりますので、注意が必要です。
テンプレートはSmartyで記述します。